- SCOME
醫學教育部（SCOME）關心國內外醫學教育相關議題，並持續推廣醫學教育。本部積極推動全國醫學生自評書計畫，廣納醫學生意見，並透過講座及定期舉辦之「醫點狂潮」增加醫學生及欲報考醫學系之學生對醫學教育的認識。此外，本部亦積極參與醫學院校長會議等會議，表達學生意見、爭取權益，希望能讓醫學教育更好。
- SCORA
性健康與權益推廣部（SCORA）致力於推廣性健康及權益相關議題，不論是多元性別、性病防治、性別平等或母體健康，皆是本部關注之重要社會議題，因此我們希望抱持著多元相融的理念，推動健康及全面之性教育，結合活動舉辦和社會參與，培養尊重心態，消弭歧見，促進共榮。
- SCOPH
SCOPH及公共衛生部，分別為IFMSA常設委員會及AMSA常設部門，以「維護及促進全球公共衛生」為行動理念，並培養社會、心理、 生理三大層面的無疾病狀態」為宗 旨，關注我國醫學生在公共衛生層 面可以如何服務大眾，以改善周邊 社區乃至全球的整體健康。
- SCORP
人權和平部（SCORP）長期關注國內外人權議題，從精神醫學、醫療人權，至貧窮議題、難民議題等皆有所關懷。讓身為醫學生的我們，善盡我們的社會責任與力量，透過舉辦各式活動，鼓勵更多人關懷社會、落實人權正義。
- SCOPE
專業交換部（SCOPE）提供國際五大洲之間的醫院交換機會，讓我國醫學生得以至各個國家的醫院觀摩學習、拓展視野，並接待國外醫學生至我國醫療院所，實地體驗我國臨床醫療教學。
- SCORE
研究交換部（SCORE）透過國際交換以及國內各項的培力活動，致力於提升我國醫學生對於研究的參與及熱忱，並促進國際間科學研究之交流。
- 亞洲交換計畫部(AMSEP)
AMSEP (Asian Medical Students’ Exchange Program) 是亞洲醫學生校對校交換的計劃，行程包含學術活動(如:參觀學校、實驗室和醫院、或交換國的教授授課等)和文化體驗(如:在地醫學生規劃景點，品嚐在地美食)。透過各國醫學生精心的安排，了解不同國家的風俗文化、醫療體系與醫學教育等，是一趟深入當地之旅。合約為雙向，交換計畫的時間約5~10天，由交換的兩國自行協定交換的人數、時間，費用由舉辦AMSEP的國家支付，並安排行程。
- 學術部
學術部尋求專業醫療工作者和知名院士的國際合作，開展各種學術活動。學術部每年舉辦符合醫學教育大綱的比賽。目標在於透過各學術專案及工作坊，創造各國醫學生的知識共享環境。
- 期刊部
期刊部鼓勵醫學生進行各種形式的研究和創造性工作，並協助學生投稿JAMSA。JAMSA是AMSA international發行的生物醫學雜誌，接受各國醫學生撰寫的醫學、公衛等學科的科學文章。
- 訓練部
訓練部的核心理念在於為醫聯會培訓人才，使得國內醫學生的資訊能與國際接軌，像是定期舉辦的Training New Trainer (TNT) ，幫助培育議題部門活動講師、提升未來領導者的溝通能力。
- 媒體事務部
- 公關部
- 設計部
- 全國會友聯絡部